A lo largo de su carrera judicial ha intervenido en la investigación de algunos de los delitos de mayor relevancia que se produjeron en España: crímenes contra la humanidad, ETA, terrorismo de Estado, yihadismo, narcotráfico, corrupción política y delincuencia económica. Promovió la orden de arresto contra el exdictador chileno Augusto Pinochet, procesó a militares genocidas argentinos e impulsó la causa contra los crímenes del franquismo. En 2012, el Tribunal Supremo le condenó a once años de inhabilitación por las escuchas del caso Gürtel. En 2021, el Comité de Derechos Humanos de Naciones Unidas emitió un contundente dictamen sobre su condena, en el que afirmaba que existían «dudas» objetivamente justificadas de que el magistrado tuviera «acceso a un tribunal independiente e imparcial» en los procesos del franquismo y de la Gürtel. Ha ejercido de asesor de la Fiscalía de la Corte Penal Internacional de La Haya, miembro del Comité contra la Tortura, presidente del Centro de Promoción de los Derechos Humanos de categoría dos de Unesco en Argentina y coordinador de la defensa jurídica del fundador de Wikileaks, Julian Assange. Baltasar Garzón escribe habitualmente en los medios de comunicación y es también autor de varios libros.
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